EØS gir dermed nordmenn og norsk næringsliv de samme retter og plikter som andre EØS-land og deres borgere når det gjelder handel med varer, investeringer, bank- og forsikring, kjøp og salg av tjenester og rett til å ta arbeid, studere (dog uten fritak for skolepenger) og bo i andre land i området. Avtalen omfatter også samarbeid på andre samfunnsområder, bl.a. innen forskning, utdanning og miljø. Imidlertid omfatter EØS ikke EUs felles handelspolitikk eller tollunion utad, skatte og avgiftspolitikken, landbruks- og fiskerisektoren, Den økonomisk og monetær union, utenriks- og sikkerhetspolitikk eller justis- og politisamarbeid.
Det er opprettet flere felles EØS-organer for å gjennomføre samarbeidet mellom EFTA og EU.
EØS-rådet er det øverste organet i EØS-samarbeidet. Rådet møtes to ganger i året på politisk nivå med en representant for hvert EØS-land og for Kommisjonen. Her trekkes de politiske retningslinjene for samarbeidet opp. EØS-rådet skal også fatte de politiske beslutninger som fører til eventuelle endringer av EØS-avtalen. Beslutninger fattes ved enstemmighet.
EØS-komiteen er det felles beslutningsorganet mellom EØS/EFTA-landene og EU. Komiteen har hovedansvaret for det løpende EØS-samarbeidet. Her treffes beslutninger om å innlemme nye rettsakter i EØS-avtalen. Beslutninger i EØS-komiteen fattes ved enstemmighet.
I EFTAs faste komité foretas klareringer EFTA-landene imellom om beslutninger og andre saker i EØS-komiteen. I tillegg finnes det en rekke underkomiteer, arbeidsgrupper og ekspertkomiteer under EØS-komiteen og EFTAs faste komité som forbereder beslutningene som skal tas. Disse er organisert etter hovedsamarbeidsområdene i avtalen.
EFTAs sekretariat i Brussel har en viktig administrativ støttefunksjon i EØS-arbeidet. Sekretariatet bistår arbeidet i underkomiteene og i arbeidsgruppene med å forberede sakene til behandling i EFTAs faste komité og EØS-komiteen.
Videre er det to rådgivende komiteer i EØS-samarbeidet: Parlamentarikerkomiteen , som består av representanter for Europaparlamentet og EFTA-landenes nasjonalforsamlinger, og Den rådgivende komité for partene i arbeidslivet. EFTAs overvåkningsorgan ESA påser at EFTA-landene følger EØS-reglene i EFTA-området. I EU har Kommisjonen tilsvarende overvåkningsoppgaver. EFTA-domstolen kommer med uttalelser og avsier dom i saker som gjelder EFTA-landenes avtaleforpliktelser, eller i saker som har vært behandlet i EFTAs overvåkningsorgan. Denne fungerer side om side med EF-domstolen. Innenfor EØS-avtalen finnes det også en egen voldgiftsdomstol for tvisteløsning mellom avtalepartene. Voldgiftsmekanismen kan benyttes i forbindelse med tvister om omfang og varighet av beskyttelsestiltak. Videre kan den benyttes for å vurdere forholdsmessigheten ved mottiltak. Hittil har ikke voldgiftsmekanismen vært benyttet.
Når det gjelder forholdet til EF-retten , står to begreper sentralt. Samarbeidet i EØS skal for det første være dynamisk. Dette betyr at avtalen endrer innhold i tråd med videreutviklingen av lovgivningen innenfor Det indre markedet. For det andre skal samarbeidet gjennom EØS være ensartet. Alle eksisterende og nye rettsakter skal gjelde likt både i EU og i EØS. Avtalen har også klausuler som innebærer at nye områder kan bringes inn, eller at eksisterende områder kan tas ut. Hovedprinsippet i EØS er at EFTA og EU utgjør to pilarer i samarbeidet, og at hver pilar taler med én stemme. Når nye EØS-regler skal vedtas, er det en løpende dialog mellom EFTA- og EU-pilaren helt fram til det gjøres vedtak.
Når Kommisjonen utarbeider forslag til nye EU-regler som vil være av betydning for EØS, blir sakkyndige fra EFTA koblet inn på samme måte som sakkyndige fra EU-landene. For at et forslag skal bli vedtatt som en EØS-regel, kreves det at både EFTA-siden og EU sier ja i EØSkomiteen. Reglene må gjennomføres i norsk rett ved lov eller forskrift for å bli bindende for norske borgere og bedrifter. (I motsetning til i EU, hvor direktiver og forordninger har direkte virkning i alle medlemslandene.) Andre juridiske grunntrekk er at lovgivning ikke skjer i EØS, den skjer i EU. Forvaltningen av retten hører, som i EU, under nasjonale statsforvaltningene. Videre pådømmes EØS-retten, som EF-rett i EU-land, i hovedsak ved nasjonale domstoler. Når det gjelder fortolkningen av EØS-avtalen, har ikke EFTA-domstolen samme autoritet som EF-domstolen, og nasjonale domstoler har rett, men ikke plikt, til å spørre EFTA-domstolen.
Uttalelsen fra EFTA-domstolen er ikke bindende, men rådgivende. Sommeren 2003 ble EØS-landene i EFTA, de ti kommende EU-medlemslandene samt Kommisjonen enige om endringer i avtalen som gjorde det mulig å utvide EØS med ti nye medlemmer 1. mai 2004. Dessuten er avtalen utvidet med hensyn til EFTA-landenes og EU-landenes organiserte samarbeid på en rekke områder av felles interesse. Blant annet har man etablert samarbeid knyttet til miljøvern, arbeidsmiljø- og likestillingsspørsmål, forbrukervern, forskning og utvikling, utdanning, opplæring, kultur, selskapsrett, tiltak for små og mellomstore bedrifter, samarbeid om audiovisuelle tjenester, turisme, statistikk, informasjonstjenester og katastrofeberedskap.